弟とも仲が悪く、これが大友家内紛の一因を成している。
島津軍が豊後府内に侵攻してきたとき、義統は居城の府内城を捨てて真っ先に逃亡している。さらにこのとき、寵愛する愛妾を置いていたことを思い出して、家臣の1人に救出を命じた。家臣の1人は命令に従って救出してきたが、それに対して義統が恩賞を与えようとすると、「私は女を1人助けたに過ぎません。このたびの戦いで多くの同朋が死んだにもかかわらず、それには報いず、私にだけ恩賞を与えるとは何事ですか。そのような性根を持つ主君は、我が主君にあらず」と述べて、逐電したという。
文禄の役の失態に関しては、同じように小西行長からの救援要請が小早川秀包や黒田長政にも出されており、両者ともこれを拒否している。にも関わらず、黒田・小早川は何の処罰も受けず、義統（当時は吉統）のみが改易処分と厳しい処置を取られたのは、秀吉家臣の讒言を受けた為とも、梅北一揆に大友氏の一族が加担していたとの風説があった事などにより秀吉が不信感を前々から抱いていたという説がある。
相当、酒癖の悪い人物であったらしく、フロイス日本史など多くの宣教師の資料に「過度の飲酒癖やそれによる乱行が多い」と記されている。自身も自覚していたのか前述の通り、子・義乗に残した家訓に「下戸である事」と戒めを記している。
父との対立は、隠居後、自由奔放にキリスト教へ極端に傾倒していった義鎮に対し、反感を抱いていた反キリスト教の家臣団と、離別後も強い影響力を持った実母・奈多夫人の影響が強かった為とされる。特に奈多夫人は義統に対して影響力が強かったようで、義鎮と後妻との間に子が出来た事を知ると、その子供が男・女に関わらず殺すようになどと進言し、関係はさらに悪化したとされる。
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